אגודה שיתופית, וקיבוץ בכלל זה, רשאים לקבוע בתקנון הוראות בדבר מתכונת "ישוב סכסוכים" בין החבר לאגודה וגם בין החברים לבין עצמם. האגודה יכולה לקבוע מנגנון ליישוב סכסוכים בין באמצעות רשם האגודות השיתופיות ובין באופן אחר.
להליך בוררות בפני הרשם ("בוררות סטטוטורית", לפי סעיף 52 (2) לפקודת האגודות השיתופיות) יש כללים משלו: הרשם יכול ליישב את הסכסוך בעצמו או למנות בורר אחר שאמור להיות מומחה בתחום האגודות.
לאחר שניתן פסק הבוררות, יכול כל צד להשיג עליו בפני רשם האגודות, שמשמש מעין "ערכאת ערעור" על קביעות הבורר. להחלטת הרשם המאשרת או מתקנת את פסק הבוררות – יש מעמד זהה לפסק דין של בית משפט מחוזי, שאינו ניתן לערעור.
לא מעט קיבוצים ואף חברים מוצאים עצמם בהליכי בוררות, בין ברצונם ובין משום המנגנון המחייב בתקנון הקיבוץ. לעיתים במוקד הסכסוך קיימת החלטה של מוסדות האגודה שהחבר מלין עליה. עוזר רשמת האגודות השיתופיות מתווה כאן כללים לסמכויות 'ההתערבות' של הבורר בהחלטות הקיבוץ.
סכסוך שהתגלע בין אגודה שיתופית (מושב עובדים) לבין אחד מחברי האגודה נדון בפני בוררת שמינה רשם האגודות. בפסק שניתן, החליטה הבוררת, בין השאר, על ביטול החלטה של ועד ההנהלה (להטיל דמי שכירות על קרקע), ובכך פסקה לטובתו של החבר.
היא נימקה את פסיקתה בכך שהוועד לא התנהל בצורה נכונה בעניין זה, מצאה פגמים "בקביעת הנושאים שהיו על סדר היום של הוועד", ובכך שלא הוזמן החבר לישיבת הוועד, קודם שהתקבלה החלטת הוועד שנגעה לו (כמו-גם לאחרים).
עו"ד רמזי חוראני, עוזר רשמת האגודות השיתופיות, שדן בהשגה ("ערעור") שהגישה האגודה על פסק הבוררת, קיבל את ערעור האגודה, ביטל את החלטת הבוררת האמורה, והסביר את סמכויות הבורר והדרך בה הוא מקבל את הכרעתו.
כאשר בפני הבורר מונחות "גרסה מול גרסה", נטל השכנוע להראות מי משתי הגרסאות היא הנכונה, מוטל על מי שמבקש להוכיח את העניין שהוא טוען לו. בורר, הסביר עו"ד חוראני, "אינו יכול להניח הנחות.
עליו לקבוע את העובדות על בסיס עדויות ומסמכים ואין הוא "יכול להשלים את מסכת הראיות" על בסיס הנחה מסוימת. אם אין בידי הבורר להחליט לגבי עניין עובדתי מסוים – הוא אינו יכול לקבוע הכרעות על סמך מסד עובדתי שאינו בטוח בקיומו, והוא משלימו בעצמו.
בורר חייב לפסוק לפי החומר שבפניו, הוסיף חוראני, ואינו "בן חורין לעשות שימוש בחומר גם אם נמצא בהישג ידו, אך לא הוגש, במהלך הדיון בפניו, על ידי מי מהצדדים".
על הבורר להכריע בסכסוך ממוקד ולא להתוות דרך פעולה לאגודה. קביעת הנושאים ל"סדר היום" בישיבת הוועד היא פריבילגיה של הוועד, בהתאם לדרך טיפולו בנושאים השונים.
אלמלא דן הוועד בנושא משמעותי, הבהיר עו"ד חוראני, היה נפגע אינטרס האגודה, וחברי הוועד היו נחשפים לתביעות אישיות נגדם, משלא דנו בעניין מסוים, שהיה עליהם לדון בו.
ככלל, הדגיש עוזר הרשמת, אין בורר רשאי לבטל החלטות של מוסדות האגודה: ועד ההנהלה והאסיפה הכללית (הריבון העליון באגודה) או להתערב בהן, כל עוד הן התקבלו כדין ואינן נגועות בחוסר תום לב.
התערבות בהחלטות רשויות האגודה צריכה להיעשות בזהירות רבה, ורק אם הוכח שנפל בהם פגם מהותי או דיוני. במקרה זה, תאר חוראני, הוועד היה מוסמך לדון בנושא שהוצג בסדר היום ועניינו של החבר "נשמע" בהתכתבויות שקדמו לקבלת ההחלטה ולאחריה.
ההחלטה התקבלה בתום לב והיא לא התייחסה דווקא לחבר מסוים, אלא לגבי כל מי שנמצא במצב דומה, ומשכך הייתה זו החלטה תקפה ושגתה הבוררת כשביטלה אותה.
